《黄飞鸿之王者无敌》讲述了清朝末年，清政府闭关锁国，国家经济日渐衰退。黄飞鸿心系民族大义与家国情怀，因此错过了与十三姨的婚事。失望之下，十三姨离开广东，独自前往上海。为了追回十三姨，同时寻找失踪的墨龙图，黄飞鸿也踏上了前往上海的旅程。
抵达上海后，十三姨投奔了外国同学皮特。多年来，皮特始终深爱着十三姨，对她的到来欣喜不已，但十三姨心里仍然牵挂着黄飞鸿。与此同时，黄飞鸿在调查墨龙图下落的过程中卷入黑帮争斗，还遭人设计陷害，最终不幸身陷囹圄。
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