《蜡笔总动员》的故事发生在五彩斑斓的七彩城。城市中央，七彩河横贯而过，是维持这座城市生机的重要源泉。小黄（克里斯蒂娜·里奇 Christina Ricci 配音）、小蓝（韦恩·布莱迪 Wayne Brady 配音）、小绿（杰斯·哈梅尔 Jess Harnell 配音）等蜡笔共同属于一个名叫阿本的主人。每当阿本进入梦乡，蜡笔们便会苏醒，回到自己的家园七彩城，享受欢乐时光。
一天，一幅尚未完成的黑白画作意外跟随蜡笔们来到七彩城。渴望拥有色彩的它，竟将目标锁定在了七彩河上。眼看家园面临危机，蜡笔们决定团结一心，共同对抗威胁，守护赖以生存的七彩城。面对这场考验，这群小小的蜡笔最终能否赢得胜利？
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