《剿杀令完结》以解放前夕的黔东地区为背景。国民党军队即将败退之际，仍在当地留下部分部队、军火和特务，并与土匪勾结，为日后反攻暗中筹谋。一时间，黔东匪患猖獗，百姓生活陷入困苦。
天台寨匪首熊山虎强迫布依族少女陆翠珍嫁给自己。为躲避熊山虎，陆翠珍只得仓促嫁给当地首富莫家的少爷莫志明。熊山虎因此怀恨在心，决意血洗莫家庄。莫六姑因不满财产分配，对莫志明心存怨恨，也嫉恨聪慧能干的陆翠珍，于是与熊山虎合谋陷害莫志明夫妇。莫志明最终中毒身亡，陆翠珍侥幸逃过一劫。熊山虎趁机企图侵占莫家庄，却被陆翠珍将计就计，一举歼灭。
夺取天台寨后，陆翠珍成为布依山区的首领，并与得力干将覃天逐渐建立起深厚感情。然而受世俗门规束缚，覃天只能默默离开家乡。黔东解放后，解放军展开剿匪行动。国民党特务为达到目的，暗杀布依山区长老陆文泽，并故意散布消息，声称共产党已经下达“剿杀令”，要消灭所有“土匪”。对此深信不疑的陆翠珍对解放军产生了深深误会，率领众人进入山区……
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