《鉴证实录II粤语》中，冷面小生林保怡与无线皇牌花旦陈慧珊再度携手，抽丝剥茧侦破一宗宗悬疑奇案。扑朔迷离的案件与反复纠缠的感情线交织展开，令人难以抗拒。
女法医聂宝言（陈慧珊）在上一辑与督察曾家原（林保怡）黯然分手后离港，后来因姐姐聂宝意（陈美琪）结婚而返回香港，并重新复职。宝言与家原重逢时，宝言看出小棠（李珊珊）始终没有放下家原，因此对这段感情有所保留。为了成全宝言和家原，小棠假意与宝言的下属杨志伦（刘恺威）扮演情侣，宝言与家原最终得以复合。
另一方面，聂津津（钟丽淇）因觉得与曾家乔（鲁文杰）性格不合而提出分手，之后与男模特儿袁天明（海俊杰）展开恋情。家乔无奈之下迁怒于袁天明的妹妹袁天晴（陈采岚），两人从此斗法不断，逐渐成为一对欢喜冤家。
宝言与家原携手侦破多宗案件，感情也日益深厚。当他们得知小棠与志伦只是伪装情侣后，决定撮合小棠与有为律师王英杰（蔡子健），却没想到这番安排竟令小棠陷入死亡陷阱……
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