《舰在亚丁湾》以军人及其家属的日常生活为切入点，展现新时代人民解放军保家卫国的坚定决心，以及军属们在背后默默承担的牺牲与付出。
舰长肖伟国率领海军编队前往亚丁湾执行护航任务，妻子龚新华则接任家属委员会主任。军嫂杨灵儿经营饭馆，周韵参加模特大赛，欧阳春为了外企的高职高薪选择不要孩子，几位军嫂各自面对着生活与家庭的不同选择。与此同时，龚新华与老同学曹冰冰之间也不断发生冲突。曹冰冰是舰长韩世杰的妻子，担任区委办公室主任，负责军民共建工作，因工作关系与龚新华屡有交集，两人之间一直藏着难以化解的心结。
肖伟国患有痴呆症的父亲总把曹冰冰家错认成自己的家，使龚新华和曹冰冰在工作与生活中矛盾频发。另一边，毛大华带领队员专心研究索马里海盗中最强劲的对手黑鲨。经历数次险情后，中国海军最终凭借英勇与智慧赢得了对手的佩服和尊敬。
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