铁血莲花讲述了发生在澳门的悲壮往事。1846年夏天，澳门海岸来了十几个衣衫褴褛、疲惫不堪的人。他们是刚被葡萄牙女王任命为澳门总督的沙瓦德（马蒂尼饰）及其随行人员，此前刚刚遭遇海难。众人尚未站稳脚跟，便遭到一群黑布蒙面的弓刀手袭击，对方抢走了他们携带的大部分鸦片，以及装有女王任命书的皮箱后迅速离去。沙瓦德这才得知，劫掠者正是澳门一带赫赫有名的海盗杜海龙（吴毅将饰）。他对此怒不可遏，发誓上任后一定要报仇。
一行人上岸后，来到一个华人渔村。村中一座院落里传出阵阵喧闹声，他们循声找去，发现望厦村长林春方正在为小儿子阿明庆祝18岁生日。大儿子林伟良（谢君豪饰）和未婚妻水莲（秦岚饰）也在帮忙张罗，院内一片热闹喜庆。就在此时，沙瓦德的部下卡洛斯带着葡兵闯入，蛮横地要求搜查被海盗抢走的鸦片和皮箱，双方随即爆发激烈冲突。阿明急忙跑去清政府驻望厦衙署，向官员王韬求助，却从此一去不回，神秘失踪。
这部影片讲述了1849年发生在澳门的一段鲜为人知、悲壮惨烈的历史。
国产剧