《国家底线》讲述了废物原料走私活动再度抬头后，仙海检验检疫局联合有关部门严阵以待、展开追查的故事。然而行动最终失利，潜逃已久的幕后人物再次消失在重重迷雾之中。稽查科长丁达顺着线索深入调查，意外发现幕后主使竟是自己的同窗好友、回国投资的何立东。
面对这个难以置信的结果，丁达虽然不愿相信，却因职业敏感和守护国门的责任，不得不将调查重点锁定在何立东为重点工程化工厂供应的进口设备上。这批设备关系到国家利益以及人民生命财产安全，背后更隐藏着何立东不为人知的阴谋。即使是与何立东合作的化工厂总经理黄奇，也完全不了解其中内情。
为了阻止调查，何立东利用丁达对孔思琴的感情，暗中设置重重障碍，使孔思琴与丁达渐行渐远。与此同时，他也发现孔思琴正是自己苦苦寻找的目标，于是向她表白，而孔思琴最终接受了他。当设备的问题暴露后，何立东不但成功金蝉脱壳，还刻意展现出更大的担当，进一步赢得了孔思琴的信任。可孔思琴并不知道，在何立东眼中，感情不过是保全自己、攫取利益的工具。丁达因此陷入深深的纠结和痛苦，但在情感和……
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