《府衙惊魂》以乾隆年间的古城南阳为背景，展开一段真假难辨、步步惊心的悬疑故事。南阳地处要冲，历来是兵家必争之地，也因此藏龙卧虎。一次秘密押往京城的金银珠宝途经南阳时离奇失踪，负责押运的二百余名官兵全部遇害，南阳知府项天爵也以身殉职。消息传入朝廷后，皇上震怒，特派新科进士顾一贯接任知府，限期查清案件、缉拿真凶。
顾一贯上任后，府衙怪事不断，闹鬼传闻接踵而来，蒙面人频繁现身，凶杀案也一桩接一桩。为迷惑暗中的敌人，他故意装出畏惧退缩的模样，声称不再追查此案，表面上与乡绅权贯交往，沉溺酒色，只处理寻常政务，还做出与风流妩媚的项知府遗霜调情鬼混、与杏花山土匪白四黑暗中往来，以及向府衙总管项天阁的义妹项媚儿求婚等荒唐举动。实际上，他始终在暗中搜寻线索、积蓄力量，准备给予真凶致命一击。
面对层层迷雾，顾一贯究竟会选择智取、巧取，还是公开查办？在皇上限期破案的压力下，他又将如何揭开这桩扑朔迷离的命案？
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