《少林问道》以明嘉靖年间为背景，彼时朝政被严党把持，官场腐败不堪，沿海倭寇肆虐，明朝局势岌岌可危。南京总兵程肃之子程闻道聪慧过人、年少有成，原本计划与自幼相识的郡王府郡主李蓁蓁结为夫妻。然而，程家与郡王府这桩一文一武的联姻，却令朝中高官明德深感不安。
为消除隐患，明德设计提拔程闻道的结拜兄弟高剑雄，并伪造圣旨，将程闻道一家置于死地。高剑雄因心怀愧疚，暗中放走身受重伤的程闻道，但两人也因此反目成仇。后来，闻道被少林僧人救回少林药局疗伤，一段围绕“禅、武、医”的求道之旅由此展开。
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