荆轲传奇讲述了战国时期一段充满流离与恩怨的故事。公元前260年，秦国攻打赵国，历史上著名的长平之战爆发。赵国覆灭后，赵国流民在荆爷爷的带领下逃离故土，躲进快活谷，过上了与世隔绝的生活。
几年后，荆爷爷在一次与山贼的冲突中身亡。此时，庆、好友樊于期以及他们共同喜欢的女孩小沪都已长大成人。身为秦人的樊于期返回秦国，成为白起将军麾下的一员得力战将；荆轲则与小沪逃往齐国。然而，小沪无法忍受颠沛流离、食不果腹的日子，最终离开荆轲，沦落青楼，后来嫁给当地富商贾满贯。被小沪抛弃的荆轲悲痛不已。
婚后，小沪长期遭受贾满贯的摧残，便与贾满贯的贴身护卫聂无涯私下勾结，合谋杀死贾满贯，并将罪名嫁祸给荆轲。陷入绝望的荆轲被田光救出，随后加入天灭组织，从此踏上刺客之路。
樊于期凭借屡立战功获得秦王赏识，但始终无法割舍与自己一同长大的伙伴。即使秦王将公主许配给他，也没能减弱他对小沪的思念。秦王对樊于期的器重，也引起了丞相吕不韦的不满……
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