《猎人2016》以1948年的郴城为背景。解放军发起辽沈战役后，部分城市相继获得解放，郴城便是其中之一。然而，国民党潜伏特务、散兵游勇和惯盗悍匪等势力交织在一起，使这座大城市陷入不战而乱的困境，混乱与萧条蔓延至城市的各个角落。
为了让百姓在新政权下重新恢复生活信心、迎接新的挑战，原地下党员秦天亮接任郴城军管会主任。他与侦查处处长技连才、保卫处处长孙大虎，以及从国外留学归来的侦查顾问耶律麒并肩行动，着手对郴城展开彻底整治。耶律麒虽是经验丰富的私家侦探专家，却始终对新政权心存疑虑，抱着得过且过的态度，与军管会干部保持距离。随着一次次并肩作战，他逐渐受到身边共产党人的感召和榜样力量的影响，最终成长为一名坚定的战士。他凭借出色的推理能力抽丝剥茧、层层追查，在秦天亮的统筹部署和同事们的协助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋。
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