《少年天子》讲述了顺治皇帝福临（邓超 饰）的成长与情感经历。年少登基的福临，在摄政睿亲王多尔衮和母亲孝庄太后（潘虹 饰）的扶持下坐上皇位，却始终生活在多尔衮专制的阴影之中。尽管胸怀抱负、心存理想，他却处处受到限制，始终无法真正施展自己的政治才能。
登基八年后，福临的婚姻也被孝庄太后一手安排，被迫迎娶表妹博尔济吉特氏（郝蕾 饰）为皇后。皇后性格高傲善妒，与年轻的福临矛盾不断，而福临本就对这桩婚姻心存抗拒，因此对她愈发冷落。一次偶然的机会，福临结识了才女乌云珠（霍思燕 饰），两人逐渐产生真情。然而，由于福临一时轻率，他错失了心爱之人，反而将乌云珠许给了弟弟果郡王博果尔为妻。
此后，福临以切磋文墨为由，多次召见已经成为王妃的乌云珠。随着相处增多，两人的感情日益深厚，最终再也无法挣脱这段早已陷入泥泞的爱情。顺治帝不顾众人反对，顶着重重压力迎娶弟弟的妻子。可是，这段甜蜜的生活并未持续太久，违背常伦的关系本就饱受争议，而顺治帝对乌云珠的专宠更是……
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