《鲁邦的女儿第二季》讲述三云华（深田恭子）与樱庭和马（濑户康史）历经波折终于走到一起，却因L一族对外已被认定为死亡，只能以事实婚姻的形式共同生活。原本是搜查一课精英刑警的和马，也因为这段恋情被调往地方警署；即使已经与华结婚，两人的关系仍必须严格保密，对外只能宣称自己是单身。
为了照顾这对夫妻，华的父亲三云尊（渡部笃郎）送给他们一套豪华公寓作为结婚贺礼，而这套公寓实际上还与尊的新居相连。与此同时，华的哥哥三云涉（栗原类）再次盯上了一桩大目标，L一族也随之重新活跃起来。一直渴望摆脱盗贼家业、与和马过上安稳幸福婚姻生活的华，又将面对怎样的命运？
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