《三目封神传》讲述了二郎神为替母亲赎罪，必须下凡千次斩妖除魔，才能重新位列封神的传说。按照天命，杨戬以婴儿的身份降生，只有成年之后才能恢复神力，而世代守护神明的“护神族”也因此延续至今。
“护神族”神婆奂灵意外捡到一名长着三只眼睛的婴儿，便为他取名杨戬，并坚信他就是二郎神转世。二十年来，奂灵始终守护在杨戬身边，可无论杨戬还是村民，都不相信他拥有神明血脉。直到墨鬼再次现身，杨戬在危急关头开启天眼，将其消灭，随后黑触妖也降临人间。
道人无妄子断言，只有黄金铸成的网才能制服黑触妖。富家少爷黄一角提出以黄金千两为交换条件，要求奂灵嫁给自己。为了帮助杨戬完成封神，奂灵毅然答应。相处之中，杨戬渐渐爱上奂灵，却始终无法将心意说出口。与黑触妖决战后，杨戬战死并因此封神。此时，无妄子才露出真面目，原来墨鬼的出现一直都是他的阴谋。为灭口，他企图杀死奂灵，杨戬最终不惜违背天条将其斩杀。自此，杨戬的天眼永远关闭，世间也再无二郎神。
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