猪猪侠之终极决战讲述了黑暗世界怪兽之战结束后，童话世界重新恢复和平。随后，一套变身战队训练系统成功开发并正式上线，超人强、猪猪侠、菲菲、波比和小呆呆五位战队伙伴担任代言人。玩家能够通过系统进入虚拟童话世界，以变身战队成员的身份与虚拟怪兽战斗，体验成为超级英雄的乐趣。
一天，猪猪侠在虚拟世界探险时遇到了系统队友巴罗。得知对方的名字与自己父亲相同，他顿时十分恼火。尽管心中不太情愿，猪猪侠还是一次次进入虚拟世界，与巴罗并肩执行任务，并在相处中度过了快乐的时光。然而，就在猪猪侠逐渐放松警惕之际，黑暗世界的阴谋也正在悄然展开。
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