长江三峡的考古发掘中，考古学家挖出了一件庞然大物。它做工粗糙、模样奇特，竟被认定为麦子仲肥留下的一件“废物”。麦子仲肥，名兜，字仲肥，是我国一位吃饱了撑着的思想家兼发明家。就在众人不知该如何处置这个大而无当的巨物时，香港的麦兜正和妈妈麦太一起发呆。有人怀疑，麦兜正是麦子仲肥的十八代后人。
麦兜（郭君彦、张正中配音）行动迟缓、性情乖巧，却有些迟钝，被评定为多元低智能。麦太（吴君如、宋丹丹配音）也并不比儿子强多少，半辈子横冲直撞，却总是屡屡扑空。为了改变母子俩的生活，麦太决定带着麦兜到内地闯一闯。来到武汉后，她忍痛把麦兜送到山上的武术学校“太乙春花门”寄宿。
山上的日子清苦，掌门道长（黄秋生、张立昆配音）也是一副呆头呆脑的模样。麦兜对习武毫无兴趣，平日里最大的乐趣，就是和同学们偷偷溜进炼丹房煮方便面。好在他身边还有一位亲切的助教“熊宝弟弟”，时常给予照顾。
“世界幼儿园武术大赛”即将开幕，可“太乙春花门”的孩子们个个软手软脚，眼看就要成为挨揍的对象。比赛开始后，麦兜不得不迎战来自各地、个个好勇斗狠的小朋友。就在这时，麦兜祖先麦仲肥留下的巨物突然“当、当、当”地响了起来。原来，那是一口一年才相当于走过一秒、每三千六百年才报时一次的大钟。大成若缺，大器晚成，麦兜也在这一刻领悟了太极拳，以及属于自己的人生道理。
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