《奇门密探》讲述了奇门派与五毒派这两大江湖门派围绕“皇家龙种花落谁家”展开较量的故事。双方在各施手段的过程中阴差阳错地揭开了皇叔的阴谋：皇叔企图让皇帝（陈浩民饰）断绝子嗣，待其驾崩后登上皇位。为达成目的，他派潜伏在皇后（胡然）身边的五毒派弟子秀明（甄淇饰）暗中毒害皇嗣。然而，秀明阴险狡猾，另有盘算，并未真正效忠皇叔，反而趁机谋取私利。
与她形成鲜明对比的是奇门派弟子多美（邱意浓饰）。她性格善良、行事大大咧咧，却常常乐从天降、逢凶化吉，对权势名利也毫不留恋。机缘之下，她爱上了英俊勇猛却有些呆萌耿直的侍卫太阳（何浩文饰）。两人携手化解皇叔之乱，最终不求功名利禄，欢欢喜喜地浪迹天涯。
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