《马达加斯加3》中，结束非洲之行后，纽约中央公园的四位明星仍在返回纽约、重返中央公园的路上。然而，有猩猩和企鹅们一路“帮忙”，他们的旅程注定不会太顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，大家因为一番胡闹闹得天翻地覆，也因此引来了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的追捕。
为了摆脱杜波依斯，他们逃进了一支正在欧洲巡回演出的马戏团。旅途中，大家继续发挥“马达加斯加”式的幽默，制造出接连不断的笑料。尽管他们始终面临杜波依斯上尉的追踪和威胁，回到纽约、回到中央公园的愿望却从未改变。在马戏团里，他们还帮助东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）和海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short 配音）重新找回了对马戏表演的信心。
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