古畑任三郎如今已是家喻户晓的名侦探。他标志性的中山装、总是骑着自行车的独特形象，也早已为人们津津乐道。这部特别篇将时间拉回到他的少年时代，讲述他与一生中最重要的人相遇的经历，以及那段侦探人生的最初起点。
15岁的任三郎（山田凉介饰）因父母关系转学来到小山区。平时热衷推理小说的他，并不主动与同学来往。一天，学校小花圃里的花被人故意踩坏，任三郎凭借推理找出了“元凶”，也因此渐渐有了小侦探的名声。此后，他干脆在后山一栋闲置的房屋里开起了侦探事务所。然而，找上门来的委托人大多只为解决一些无关紧要的小事，直到有人请他寻找失落的宝藏，事情才开始变得不同寻常。
随着调查不断深入，任三郎逐渐察觉到自己身边潜藏着危险，而这一切似乎早已是一个精心布置的局。就在关键时刻，那个平日里最不受他信任的人却出手救了他。
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