《古畑任三郎 凶手是大使阁下》讲述了发生在南美某国日本大使馆的一桩案件。日本大使黛竹千代（松本幸四郎 饰）性情冷酷严苛，生活奢靡，还凭借职权大肆敛财，早已引发当地民众的不满。外务大臣即将到访之际，参事川北健（及川光博 饰）不愿继续与大使同流合污，打算召开媒体恳谈会，揭露对方的罪行，却因此招致杀身之祸。
另一边，前往南美洲度假的古畑任三郎（田村正和 饰）因护照被猴子偷走，只得暂时滞留当地。所幸他遇到了似乎无处不在的花田（八岛智人 饰），才有了暂时落脚的地方。没过多久，一封声称绑架川北并要求赎金的信件送达，但其中疑点重重，很快便引起了古畑刑警的注意。
本片是《古畑任三郎》系列的第五部特别篇。
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