《水中漫步2004》讲述了以色列特工伊亚（里欧·艾希肯纳兹 Lior Ashkenazi 饰）的故事。他长期奉命追杀纳粹分子，妻子却在自杀前留下纸条，写着你毁灭一切靠近你的东西。妻子的死令伊亚深陷愧疚，但他仍不得不继续执行任务，追杀一名年迈的纳粹分子。
此时，目标人物的孙子艾瑟（克纳特·柏格 Knut Berger 饰）来到以色列与姐姐团聚。伊亚借机伪装成导游接近他，并陪同他游览耶路撒冷。一路相处中，艾瑟逐渐对伊亚产生信任，甚至萌生了同性之爱；而伊亚始终无法摆脱妻子自杀带来的阴影。得知艾瑟的祖父已经去世后，他更感到疲惫而迷惘。
艾瑟离开以色列后，伊亚开始不断想起这段交织着暧昧与友谊的关系，于是前往德国寻找他。没想到抵达后，他意外获悉一个秘密，内心因此陷入更深的困惑，也不得不面对艰难的抉择。
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