蜘蛛之瞳讲述了新岛的故事。六年前，他年仅10岁的小女儿遭人绑架并惨遭杀害。直到六年后的今天，新岛终于找到这名残忍的凶手。尽管对方矢口否认杀害女童的指控，新岛仍毫不犹豫地将其杀死。
不久后，新岛重遇旧同学岩松，并受邀到他的公司工作。起初，他以为这只是一份乏味的差事，却没想到公司背后竟是一个专门从事暗杀的组织：他们先派出美女色诱目标，再伺机上门将其杀害。新岛逐渐双手染满鲜血之际，却被组织上层指派监视岩松，因为这位昔日好友似乎正在暗中策划背叛组织。
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