《鬼娃娃花子》讲述了发生在本町小学附近的离奇事件。坂本拓也（井上孝幸饰）就读的本町小学附近还有另一所小学，那里不知为何接连发生小学生被杀的事件。消息传到本町小学后，学生们纷纷议论。拓也的妹妹夏美（前田爱饰）所在的班级里，有同学通过钱仙询问凶手是谁，得到的答案却是花子。孩子们立刻联想到传说中住在厕所里的鬼娃娃花子。更令人恐惧的是，钱仙预言下一个受害者就是夏美，而花子将在第二天现身。
夏美急忙跑到拓也的教室向哥哥求助，却被不以为意的拓也赶了回去。无奈之下，她只好和同学浩志一起回家。途中，两人遇见一名漂亮女孩，对方正在询问前往本町小学的路。女孩名叫水野芽子（河野由佳饰），第二天便转学来到拓也的班上。成绩优秀的芽子很快受到同学们欢迎，但有一次，加奈子和小绿撞见她从传闻中花子出现的厕所里走出来，于是大家开始怀疑芽子就是花子，只有拓也始终站在她这一边。
后来，拓也和芽子一起打扫饲养山羊的小屋。拓也为了把学级日志送到职员办公室而暂时离开时，加奈子和小绿正好走过走廊。突然，她们看到眼前出现大片血迹，惊恐地拔腿逃跑，却发现满身是血、手持镰刀的芽子正站在前方。
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