《魔婴少女》讲述了少女叶子（水沢奈子 饰）的故事。她自幼失去父母，在孤儿院中长大。成年后，叶子决定寻找亲生父母，并得知他们如今住在南条公馆。于是，她与老师诚也（堀部圭亮 饰）一同前往公馆。
由于途中遭遇恶劣天气，叶子获准在公馆暂住一晚。天亮后，她终于见到了亲生父亲南条敬三（野口五郎 饰）。父女重逢本应令人欣喜，但叶子很快得知，母亲夕子（浅野温子 饰）早年因一场意外失去了理智，如今已成为神志失常的女人。
叶子离开孤儿院，正式住进南条公馆。然而，公馆里接连发生的诡异事件，使她逐渐意识到，这座宅邸之中似乎隐藏着一个不为人知的秘密。
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