X档案被关闭后，穆德（David Duchovny 大卫·杜楚尼 饰）与斯科莉（Gillian Anderson 吉莲·安德森 饰）被迫分开。穆德奉命负责监听工作，斯科莉则返回学院继续求学。一天，国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露，波多黎各曾接收到疑似来自外星人的电讯。为抢在特种部队之前查明真相、取得外星人存在的证据，穆德独自赶往波多黎各。
斯科莉得知消息后赶到穆德的住处，并从电脑中的旅客名单里发现线索，随后一路追踪来到波多黎各。在当地阿雷希伯，穆德偶然结识了一名当地人，并从对方手中得到一幅描绘外星人的画作。然而没过多久，这名当地人便离奇死亡。面对重重疑云，穆德最终能否找到外星人来访的确凿证据？
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