《末日孤舰第一季》讲述了近未来某一年，一种极具毁灭性的致命病毒席卷地球，导致全球超过半数人口死亡。浩瀚无边的大海仿佛成了病毒无法侵入的最后净土，由汤姆·坎德勒船长（埃里克·迪恩 Eric Dane 饰）指挥的阿利·伯克级导弹驱逐舰“内森-詹姆斯”号，也因此成为灾难过后承载幸存者、漂泊海上的诺亚方舟。为了保存人类仅存的力量，并确保船上两名滤过性病原体学者能够研制出抗病毒解药，坎德勒船长违抗美国临时政府的召唤，带领船员踏上漫长而危险的旅程。为获取补给和疫苗，他们不得不一次次靠近港口与陆地，同时还要提防其他国家的舰船企图夺走解药。随着危机不断升级，绝望与恐慌也逐渐在船员之间蔓延。在这场看不见尽头的航行中，他们始终不知道未来会走向何方。本片改编自同名小说。
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