《香蕉精奇案》是一部以警匪对峙为背景的鬼怪题材影片。警官高天进因涉嫌与黑道勾结、走私军火，遭到昔日同事及部下沙钿友等人的追捕。追逐过程中，二人念及旧日情谊，始终不忍开枪相向。与此同时，沙钿友意外在香蕉林中救出女鬼小莲，反而为两人的僵局带来转机。
经过协商，沙钿友要求高天进在一个月内交出黑道头目王天龙的全部犯罪资料，以洗清自身罪名。然而，警署并不认同沙钿友的处理方式。沙钿友的表哥是警署帮办，因对他屡次办事不力深感不满，决定另派人员接手此案。受到打击的沙钿友整日郁郁寡欢，幸有女鬼小莲不时陪伴、安慰并帮助他排忧解难。相处日久，二人渐渐产生感情，演绎出一段人鬼之间的恋情。
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