韦小宝（陈小春）聪明机灵、圆滑世故。一次，他仗义出手，帮助“反清复明”组织天地会击退清兵，随后稀里糊涂地接受命令，潜入皇宫做了一名没有净身的假太监，伺机盗取藏有清朝秘密的四十二章经。一次偶然的机会，他结识了微服出行的康熙皇帝（马浚伟），两人渐渐成为无话不谈的好友。
此时的宫廷暗潮汹涌，鳌拜图谋篡位夺权，邪教组织神龙教则将真正的太后软禁，并派人冒充太后，企图趁机夺走四十二章经。凭借机智和随机应变的能力，韦小宝周旋于各方势力之间，既要帮助好友康熙解决危机，又要完成天地会交代的任务。可在义气与利益之间苦苦权衡的同时，他也不忘享受风流快活，先后有建宁、双儿、木剑平等七个女人投入他的怀抱。面对她们争风吃醋、撒娇使性，韦小宝也因此头疼不已。
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