少林活宝贝讲述了静觉寺内的空智大师（刘家辉）一边主持佛学，一边教导小和尚们勤练武功、强身健体。然而，顽皮贪玩的清凉却因沉迷Game Boy而受到师父惩罚。他心有不甘，便在师兄清心（刘赐才）的帮助下，偷偷潜入空智的房间取回游戏机，才避过责备。原来，清心和清凉一直渴望走出寺院，见识外面的花花世界。一次机缘巧合之下，两人流浪到香港，结识了女扒手Money（李婉华）。Money发现这两个小和尚不仅身手不凡，还无家可归，于是暂时收留他们，并教他们扒手技巧。随后，他们和邻居小孩宝宝（李晓彤）一起外出谋生，只是两位小和尚做事经常乌龙百出，闹出连串笑话。与此同时，空智急忙赶到香港寻找清心和清凉，却因两人身怀巨款的秘密泄露，引起贵利王觊觎，最终对方掳走小和尚，企图逼空智交出巨款。
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