《蓝色马蹄莲》讲述了凌若风、凌若雨姐妹的故事。她们的父母在一次海关缉私行动中遭犯罪集团伏击，双双成为烈士。十年后，姐妹俩前往墓地祭奠父母，却意外发现一束从未见过的蓝色马蹄莲。自此，这种色彩诡异的花朵打破了她们原本平静的生活，也将她们卷入一场神秘莫测的漩涡。
凌若风担任院长的福利院突然爆发2号病，婴幼儿接连死亡。由于这种肠道感染病并非食物中毒，专家始终无法查明感染源，疫情也难以控制。与此同时，身为国资办检查主任的凌若雨发现，自己负责监管的恰威斯集团国有资本急剧缩水，支柱产业相继倒闭。调查最终显示，福利院的霍乱疫情源于婴幼儿使用的床上用品，而这些受到污染的棉被，正是恰威斯集团捐赠的产品。
凌若雨与身为工商检查队长的男友韩大为联手，从污染棉入手调查，试图揭开恰威斯名牌产品被大量仿冒、企业因此倒闭以及国资不断萎缩的真相。然而，诡异事件接连发生。污染棉货主魏嘉民提前接到电话警告，翻窗逃走；前往调查的检查队员却与冒充公安刑警的杀手正面相遇，韩大为和凌若雨也险些遭枪杀，却始终没有意识到背后的阴谋。
私营业主柳云飞在市场兜售假棉，副队长周天宇传讯她接受处理时，却因几句私下交谈而对她从轻发落。恰威斯后勤部长贾之光涉嫌受贿120万元，工商部门准备提请检查机关立案，总经理赵永红则以帮助贾之光的儿子赚取80万美金为条件，劝他抢先自首并承担全部责任。主犯魏嘉民在外地落网后，却在押解途中被一枪击毙，污染棉案的调查线索因此中断。最终，事件以恰威斯集团赔偿福利院160万元人民币收场。
周天宇急于追查并索要魏嘉民账册的举动，引起了凌若雨对这位义兄的怀疑。凭借执着的追查，她终于在账册夹缝中发现蛛丝马迹：恰威斯集团曾与死者勾连，以低价收
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