《监狱学园 真人版》的故事发生在东京郊外的私立八光学园。这所学校以培养高贵纯洁的千金大小姐而闻名，过去一直是男子不得踏入的圣域。然而从2011年4月起，学园打破传统，开始招收男生，藤野清志（中川大志 饰）与诸葛岳人（柄本时生 饰）、若本真吾（矢野圣人 饰）、安德烈（坂本祐介 饰）、根津让二（宫城大树 饰）成为校史上首批男学生。
在诸葛岳人等人的怂恿下，藤野清志决定与他们一起偷窥女澡堂，结果四人很快被当场抓获，并遭到校园神秘组织“里学生会”的惩罚。此后，他们被关进名为“监狱”的禁闭场所，每天接受会长栗园万里（山崎紘菜 饰）及其他学生会骨干的“折磨”与“蹂躏”。
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