《怪医文三块》讲述了民国初年，草医文氏因治好了阎旅长的顽疾，被带到京城并受到重用。来到京城后，他凭借“以惊治惊、怪招迭出”的独特医术，先后治愈许多百姓和达官贵人，并创办三块堂，由此得名“文三块”。
随着声名日盛，文三块赢得了百姓的爱戴，却也触动了同行的利益，与于世勋、张宗瀚、焦二爷等人结下恩怨，屡遭陷害，最终落得倾家荡产。经历一番波折后，他治好了焦夫人，焦二爷因此心怀感激，并与于世勋等人反目。在重重困境中，三块堂终于重新开张。
长期挣扎于功名与世俗泥潭之间的文三块，又因一次救治失败，意识到自己的浮躁与功利，开始反思人生，并与始终钟情于他的紫玉再续前缘。北洋政府垮台后，七七事变爆发，直到抗战胜利，心中满目疮痍、历经六十载风雨的文三块化解了晚辈之间的矛盾，最终携紫玉离开京城，踏上行医与人生的新旅程。
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