日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮饰）在一次任务中遭遇队友离奇身亡，自己却无法向高层解释清楚，最终被调往公安部公安第五课，也就是不明事件调查科。这个几乎不受重视的边缘部门，专门负责处理各种难以用常理解释的超自然案件。除了濑文，科内成员只有圆滑世故的上司野野村光太郎，以及智商高达201、性格古怪的女孩当麻纱绫（户田惠梨香饰）。随着调查不断深入，预言师、“神之手”等拥有特殊能力（SPEC）的人物相继出现。濑文与当麻并肩办案的过程中，逐渐触及一个鲜为人知、暗藏阴谋与秘密的未知世界。
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