敌后便衣队传奇以抗战时期的淮北为背景。日寇借助汉奸武装不断袭扰我根据地，暗杀地方干部，种种暴行激起民众强烈愤慨。为打击日伪势力、严惩汉奸，我军组建敌后便衣队，专门执行锄奸反特任务。
一天，一支迎亲队伍遭到汉奸飞车队袭击，新娘小凤和新郎贵祥不幸遇难。边区公安局龙局长（洪涛 饰）得知情况后，命令伍科长（王长林 饰）查明飞车队的行踪。此时，飞车队已经逃窜至双泗镇，接连杀害我军群工部副部长常和年以及商行老板林玉国，伍科长虽亲眼目睹，却因孤立无援无法出手相救。随后，荡山县委组织干事孙秀姑在举行入党宣誓时又遭飞车队杀害。龙局长闻讯后震怒不已，立誓扭转当前的不利局面。
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