《进击的巨人：反击的狼烟》讲述了人类在巨人威胁下艰难求生的故事。巨人不知从何时起突然降临，肆意吞食毫无还手之力的人类，迫使幸存者修筑高墙，试图以此换取短暂的安宁。然而某一天，超大型巨人击破坚固的壁垒，让长期生活在平静中的人们再次陷入血腥而残酷的灾难。
韩吉（石原里美 饰）秘密捕获了一只巨人，并近乎痴迷地研究它的习性，希望找出敌人的弱点。一次意外经历，则让她获得了发明立体机动装置的灵感。出身贫困的萨沙（樱庭奈奈美 饰）凭借出色的箭术和惊人的食量，幸运地加入调查队，而食物始终是支撑她前进的最大动力。莉露（武田梨奈 饰）与富士（渡部秀 饰）则不断磨炼格斗技巧，只盼有朝一日能过上平凡幸福的生活，只是和平似乎依旧遥不可及。面对巨人的阴影，这些平凡的人只能拼尽全力，为生存奋战。
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