因卷入偷税事件，原本身处精英组的百合根友久（冈田将生饰）被调往早期成立的科学搜查班ST，担任指挥官。经过一段时间的合作，他始终无法完全理解青山翔（志田未来饰）、结城翠（芦名星饰）、黑崎勇治（洼田正孝饰）、山吹才藏（三宅弘城饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也饰）这些怪人的行事方式，却也逐渐被他们卓越的专业能力和不被周围人理解的独特气质所影响。百合根一方面期待早日回到搜查一课，另一方面又希望继续守护ST的成员。随着一直支持ST的三枝警官（渡部笃郎饰）离开，以及新任监查松户紫织（濑户朝香饰）的到来，ST陷入生死存亡的危机。此时，赤城左门开始逐渐走出家门，而百合根也成为遏制这头怪物、守护ST不可或缺的重要存在。本片改编自今野敏的原作。
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