就读于私立十字学园的四月一日君寻（染谷将太 饰），天生拥有一双与众不同的“鬼眼”，能够看见常人无法察觉的异形之物。那些形态诡异的存在始终困扰着他的生活。一次偶然的经历中，君寻走进了一座若有若无、仿佛存在于另一个世界的建筑，并在那里遇见了被称为“次元的魔女”的壹原侑子（杏 饰）。
侑子告诉他，世间万物皆有因缘。只要有缘，她便能替客人实现愿望，但对方也必须付出相应的代价，而且一分不多、一分不少。亲眼见证一场事件后，君寻向侑子请求消除自己看见鬼怪的能力，作为交换，他必须留在店里打工。
在这座神秘的建筑中，君寻接触到形形色色的客人，也逐渐看见他们如何被扭曲的人性与悲惨的命运所牵引。与此同时，他与侑子，以及同学九轩葵（宫崎香莲 饰）、百目鬼静（东出昌大 饰）之间的命运，也在不知不觉中紧紧交织起来。本片改编自CLAMP的同名漫画。
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