X医生：外科医生大门未知子第二季延续上一季的故事。凭借果断利落的作风与令人惊叹的医术，被称为Doctor X的外科医生大门未知子（米仓凉子 饰），曾在已如腐臭泥潭般的帝都医科大学第三医院力挽狂澜，掀起前所未有的风暴。一次在北海道马场冒险为一匹骨折的马完成手术后，未知子获得内科专家马渊一代（三田佳子 饰）的赏识，并受邀进入全日本顶尖医者汇聚的帝都医科大学附属医院。
不久前，外科总负责人蛭间重盛（西田敏行 饰）亲自为医院的大金主、地产大亨二宫钦也（寺田农 饰）完成了一场高风险手术。然而，二宫的癌症复发，再次住院治疗。第二外科主任海老名（远藤宪一 饰）率领团队积极准备，与蛭间共同迎接新一轮手术。与此同时，马渊领导的内科在治疗方案上与外科产生严重分歧，双方的对立不断升级。未知子的到来，更让这场原本剑拔弩张的冲突彻底白热化。
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