《菜鸟总动员》讲述了二子玉川高中棒球队重拾梦想的故事。这所曾经的棒球名校因一场恶性斗殴事件被取消参赛资格，安仁屋（市原隼人 饰）、御子柴（小出惠介 饰）、新庄（城田优 饰）、若菜（高冈苍甫 饰）等队员也因此失去了继续打球的机会，逐渐沦为令学校头疼的问题学生。
热血十足的川藤老师（佐藤隆太 饰）来到二子玉川高中任教，并负责安仁屋所在的“垃圾班”。一次偶然的机会，他发现了哭泣的御子柴，也由此了解到这些不良少年隐藏在叛逆外表下的故事。当御子柴哭着说出想重新打棒球的愿望后，川藤决定帮助他们组建棒球队。这个决定遭到了安仁屋等人的抵触，但始终保持乐观的川藤并没有退缩，反而带领这群看似凶恶的问题少年，展开了一段充满热血与感动的青春征程。他们共同的目标，正是甲子园。
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