《不开心的基因》讲述了生物学家苍井仁子（竹内结子 饰）的感情经历。留学伦敦期间，她结识了同为生物学家的南原孝史（内野圣阳 饰）。两人兴趣相投，逐渐发展成恋人关系。然而，孝史却是个四处留情的花花公子，不仅没有为自己的行为感到愧疚，还把这一切归咎于生物的本能。失望又愤怒的仁子最终选择与他分手。
回国后，仁子进入研究所工作，并与小学教师白石健一（黄川田将也 饰）相识。随着相处增多，两人的感情逐渐升温。就在这时，孝史也回到了日本，并成为仁子的同事，让她十分不快。与此同时，仁子和健一的关系也并不顺利。仁子对昆虫的热爱，使健一渐渐感到自己受到了冷落。
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