《桃源魅影》将故事置于风云诡谲、宦官专权的明朝末年。忠臣左光斗因上疏弹劾奸佞魏忠贤，最终招来杀身之祸，左家上下也惨遭东厂势力灭门。危急关头，左光斗之女左清菡携带着记录奸党贪赃枉法罪证的“忠蠹名册”，被锦衣卫百户方涂山救下。为躲避东厂的追杀，二人一路逃亡，途中幸得明教五行旗总掌旗使大邱相助，才被带入一处与世隔绝的桃源村。
与此同时，东厂内部也暗潮汹涌，左右千户仇士海与狄耕为争夺东厂督主之位展开明争暗斗。桃源村地处偏僻，村民皆是明教教徒。尽管明教早已被朝廷解散，他们依旧坚守除恶扬善的教义。左清菡和方涂山的突然到来，让村民担心他们会给村子招来灾祸，因此对二人充满敌意，并想方设法加以排挤，试图逼迫他们自行离开。
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