《杀手蝴蝶梦》讲述了一个关于江湖、误会与旧情重燃的故事。多年不问江湖事的老张，在海边开了一家PUB，和女儿阿立、伙计阿列一起过着简单而快乐的生活。阿立与阿列是情侣，三人的日子原本平静，却因老张昔日搭档突然找上门而发生改变。老张被迫战战兢兢地重出江湖，事情却在途中突生变故，替他开车的阿列意外成了杀人凶手。
老张带着阿立和阿列准备偷渡时被捕。为了救出老张，阿立答应跟随黑社会老大神爷，并欺骗阿列，哄他先行前往菲律宾。六年后，阿列已在菲律宾成为一名冷酷的知名杀手；阿立则俨然一副大姐大的派头，身边跟着忠心的小弟阿祥。神爷得知昔日搭档准备在法庭上指证自己，便派人找来杀手将其灭口，而执行任务的人正是阿列。
行动过程中，阿列意外与阿立重逢。尽管六年来从未忘记这段感情，他表面上依旧冷漠。随着真相逐渐揭开，爱意终究难以被时间磨灭，阿列再次牵起了那个始终被自己思念着的阿立的手。然而，这场重逢被神爷的手下料哥撞见。料哥一直觊觎阿立，趁阿立收拾行装时心怀邪念地找上门来，幸好及时出现的阿祥打碎了他的妄想，却也因此惊动了神爷。
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