坊主大人实习期讲述了少女薛小刀意外接任司命坊新坊主的故事。此时的司命坊正陷入财政危机，人手也严重不足，薛小刀只得与难缠的债主贾公子，以及坊中仅剩的两位老手，临时组建起一支颇为特别的办案队伍。
小镇上怪事接连发生，深夜漂浮的“飞头鬼”、前来砸场的神秘壮汉、绑架贾公子的诡异山匪，还有能够实现心愿的“许愿魔镜”，一桩桩离奇案件不断冲击着所有人的认知。与此同时，薛小刀身上异常强大的神力究竟从何而来？始终在暗处观察她的神秘女子，又与司命坊被尘封的往事有着怎样的联系？层层谜团等待薛小刀亲自探寻真相。
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