《冲上云霄第二季（粤语版）》讲述了苏怡（胡杏儿饰）与机师丈夫亦琛（吴镇宇饰）的故事。苏怡患有先天性心脏病，亦琛辞去机师工作，陪她辗转世界各地休养寻医。然而病情日益恶化，苏怡不愿让最爱的人亲眼看见自己离世时的模样，于是悄然离开了亦琛。此后，亦琛留在英国Manna（米雪饰）身边，一晃便是两年。弟弟亦风（吴卓羲饰）期间多次前来探望，劝他摆脱阴霾，重新开始生活。经过一番挣扎，亦琛决定重返工作岗位，并加入天颂航空SkyIette。除了几位熟悉的旧同事，他还遇到了技术出色的机师顾夏阳（张智霖饰），两人因理念不同，在工作中摩擦不断。飞机维修员夏晨（胡杏儿饰）因长相酷似苏怡，也逐渐走进了亦琛的生活。
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