《仁医2》作为完结篇，延续了前作的故事脉络。历史仍在既定轨迹上有条不紊地推进，许多耳熟能详的历史人物也相继登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生活下来，他创办的仁友堂医馆也逐渐步入正轨。某天，仁得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患上了当时十分常见的脚气病，于是决定研制并推广能够治愈这种疾病的点心。
与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前，向他请求帮助。仁随龙马前往京都，为胜海舟的老师佐久间象山治病，却意外从苏醒后的佐久间象山口中得知了一段惊人的往事。禁门之变后，京都满目疮痍，原本打算留下救治伤者的仁被新撰组带往萨摩藩，为西乡隆盛诊治。此后，坂本龙马牵线西乡隆
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