《Z/XIGNITION》的故事发生在近未来的东京。汽车在道路上排成长队，列车往来穿梭，熙攘的人群构成了平凡而繁忙的日常。就在这时，城市上空突然出现一个黑点，并以惊人的速度扩张，转眼间吞没了整座城市。汽车、列车和行人全都被笼罩在直径数十公里的黑色穹顶之下，人们将其称为黑点。
黑点停止扩张时，东京晴空塔仍屹立其中，险些也被吞噬。面对这诡异而令人窒息的景象，所有人都陷入震惊。就在绝望蔓延、仿佛永远看不到尽头之际，一个神秘存在从黑点内部逐渐逼近。人们将这个来自黑点的存在称为亿万敌人X，简称Zex。
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