《末世圣童》讲述了玛姬（金·贝辛格 Kim Basinger 饰）与妹妹珍娜（安吉拉·贝蒂斯 Angela Bettis 饰）之间的故事。一天，珍娜带着女儿科迪（霍利斯顿·科尔曼 Holliston Coleman 饰）找到玛姬，请求她代为照顾孩子。然而从那以后，珍娜便彻底失去了音讯。
六年后，珍娜突然再次现身，并带来了自己的新婚丈夫艾瑞克（卢夫斯·塞维尔 Rufus Sewell 饰）。艾瑞克不仅是知名电视台主持人，还是某个新兴宗教团体的传道者。夫妻二人要求玛姬交还科迪，这让她陷入无助之中。与此同时，FBI干员约翰（吉米·斯密茨 Jimmy Smits 饰）发现，艾瑞克似乎与近期发生的一连串失踪案和谋杀案有关，于是决定帮助玛姬寻找科迪的下落。
随着调查深入，真相逐渐浮出水面：艾瑞克绑架科迪，是因为他坚信这个孩子是耶稣使徒的转世，而且科迪自幼便展现出某些超自然能力。然而，作为无神论者的玛姬始终无法相信这一说法。
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