《鼠祸3围攻巴黎》将故事置于法国巴黎的垃圾堆街。当地老鼠数量失控，体型异常庞大，仅一周内就发生了三起老鼠咬人事件。医院陆续收治伤者，其中有人是在泳池中遭到老鼠袭击；除鼠工保罗也被凶猛的老鼠咬伤，因头晕、出汗等症状住进医院。与此同时，一只走失的小猫掉进垃圾桶，最终只剩骨头。
随着调查深入，人们发现老鼠惊人的繁殖能力与医院实验室一处潮湿温暖的废旧仓库有关，那里正是它们的巢穴。老鼠从仓库涌出，四处袭击人类，受伤人数不断增加。医生利用激素将老鼠集中到游泳池，并准备调动军队进行剿灭，连携带病毒抗体的小白鼠也将一同被消灭。然而，致病老鼠并未彻底绝迹。远处，一窝新的老鼠悄然出生，危机仍在继续。
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