碧血丹砂讲述了这样一个故事：相传，仡佬先民濮人是世界上最早掌握丹砂炼制技术的民族。秦始皇统一六国后，为寻求长生不老，派干将郎中令秦天远赴西南边陲，前往濮人部族麻阳部落探寻神秘丹砂。奸臣赵高为了扶植胡亥登上皇位，暗中设下毒计，命六国后人劫夺丹砂，企图一举毁掉秦天与丹砂。
在夺回丹砂的过程中，冷峻严苛的秦天与麻阳部落憨厚耿直的英武少年白岩、活泼大方的美丽少女红砂结下深厚情谊，也逐渐被部落温暖淳朴的氛围所感染，发自内心地成为麻阳部落的一员。最终，为避免部落遭受灭顶之灾，身为守丹人后裔的白岩在最后关头舍生取义，保护了族人，秦天也为此献出了宝贵的生命。红砂则怀着白岩的骨肉，将守丹人的血脉一代代延续下去。
