《灵异侦缉档案2粤语》讲述每一个生命的终结背后，都隐藏着不为人知的原因。无论凶手如何掩饰，甚至不惜毁灭证据，真相始终不会消失，死者也可能以自己的方式揭开谜团。警队中的鉴证科，正是为了追查这些看不见的真相而存在，他们凭借各种方法，甚至冒险接近死亡，让犯错的人受到应有的惩罚。
鉴证科探员高达（黄日华饰）擅长从尸体遗留下来的细微线索入手，再配合现代科技协助调查，为死者伸冤，并屡次侦破奇案。然而，高达性格古怪，原本是重案组干探，却因沉迷赌博、欠下巨债而接受警队内部调查，之后被调往鉴证科担任文职。自六岁亲眼目睹死亡开始，他便不断卷入各种无法解释的灵异事件。
调职后，高达来到新环头。重案组上司关蜀勋，正是来自被外界称为神怪之地“古董仓”的前卧底警员，曾在仓中“过冷河”。与此同时，高达还要接受心理治疗，而负责为他诊治的李嘉雯（李姗姗饰），刚刚成为警队心理医生。高达并不知道，眼前的李嘉雯正是当年被卷入“古董仓”鬼怪事件的医生。三人之间，也因此展开了一段与灵异事件和悬疑案件紧密相连的经历。
